Theo tinh thần chỉ đạo của Trung ương và Tp.HCM, Cảng Sài Gòn xác định hướng phát triển cụ thể và phù hợp với Quyết định số 1579/QĐ-TTg ngày 22/9/2021 của Thủ tướng Chính phủ về việc Phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050.
Theo đó, Cảng Sài Gòn là một trong những cảng biển lớn và hoạt động lâu đời nhất ở Việt Nam, có vai trò quan trọng về kinh tế, chính trị, an ninh - quốc phòng ở Tp.HCM và các tỉnh khu vực phía Nam sẽ là “cánh chim đầu đàn” trong quy hoạch này. Cảng nằm sâu trong nội địa, gần trung tâm thành phố. Đây là lợi thế nhưng cũng là mặt hạn chế vì vận chuyển bằng đường bộ thường gây ách tắc giao thông, kho bãi không thể mở rộng để đáp ứng nhu cầu hàng hóa ngày càng tăng…
Đầu tiên là định hướng Cảng Hành khách Quốc tế Nhà rồng - Khánh hội. Cảng Sài Gòn đang tiến hành các bước nghiên cứu khả thi về dự án này, một dự án sẽ mang lại việc phát triển bền vững kinh tế du lịch biển của Tp.HCM.
Việc chuyển đổi công năng bến cảng Nhà Rồng - Khánh Hội thành cảng hành khách quốc tế và nội địa có quy mô hiện đại đáp ứng nhu cầu phát triển vận tải hành khách và du lịch bằng đường thủy của Thành phố, góp phần nâng cao giá trị lịch sử cũng như kinh tế. Với một khu bến khách quốc tế hiện đại dọc theo khu Nhà Rồng - Khánh Hội, ngay trung tâm thành phố, vừa thuận tiện cho khách du lịch, vừa phù hợp với quy hoạch phát triển không gian đô thị Tp.HCM.
Tiếp đến định hướng phát triển Cảng Tân Thuận trở thành Trung tâm Logistics Tân thuận, cửa ngõ Tp .HCM . Với nhu cầu kết nối giao thông giữa Quận 7 và Tp. Thủ Đức bằng việc xây dựng cầu Thủ Thiêm 4 là một định hướng phát triển đúng đắn và cần thiết của Thành phố; cùng với sự phát triển đó, Cảng Sài Gòn cũng định hướng phát triển Cảng Tân Thuận trở thành Trung tâm Logistics Tân thuận, cửa ngõ Tp.HCM.
Chi nhánh Công ty CP Cảng Sài Gòn - Cảng Tân Thuận (gọi tắt là Cảng Tân Thuận) là cảng trực thuộc, chủ lực của Cảng Sài Gòn không những về sản lượng xếp dỡ hàng năm mà còn góp phần không nhỏ trong việc hoàn thành các chỉ tiêu mà Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam (VIMC) giao.
Hiện nay, cơ sở hạ tầng cầu cảng khu Tân Thuận đang khai thác tốt, trong khi thành phố đang thiếu các trung tâm phân phối hàng hoá. Việc tận dụng cơ sở hạ tầng cầu cảng có sẵn để vận chuyển hàng hoá cho trung tâm này là hoàn toàn phù hợp với định hướng mới.
Việc phát triển hạ tầng cảng tại khu vực Cát Lái và các khu vực lân cận tuy thành phố đã dồn sức thực hiện nhiều giải pháp mạnh tay và quyết liệt nhưng tình trạng ùn tắc giao thông vẫn còn diễn biến phức tạp, nhu cầu phát triển và đưa vào khai thác Cảng Sài Gòn - Hiệp Phước là rất cấp thiết, Tp.HCM có thêm một cửa ngõ thứ 2 góp phần giảm tải cho các khu vực hiện hữu.
Cuối cùng quy hoạch dự án Cảng Trung chuyển quốc tế Cần Giờ , một dự án chiến lược đặc biệt quan trọng của Cảng Sài Gòn trong việc thu hút và đồng hành cùng đối tác là hãng tàu lớn nhất thế giới MSC trong việc đầu tư xây dựng và vận hành khai thác một cảng trung chuyển quốc tế tại khu vực châu Á, của toàn vùng Đông Nam Bộ, góp phần đưa Việt Nam trở thành một trung tâm trung chuyển quốc tế quan trọng trong bản đồ hàng hải của thế giới.
Hội nghị lấy ý kiến về Đề án nghiên cứu xây dựng Cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ mới đây đã thu hút sự quan tâm, chú ý của người dân và đã nhận được sự đồng thuận từ các đại diện của các bộ, ngành Trung ương, các chuyên gia, nhà khoa học đầu ngành về kinh tế, quy hoạch, các nhà quản lý khai thác cảng biển trong và ngoài nước.
Với dự án “siêu” cảng Cần Giờ, các doanh nghiệp vận tải biển trong nước sẽ có điều kiện phát triển do nhu cầu hình thành các tuyến vận tải gom và phân phối hàng từ cảng trung chuyển, đóng vai trò quan trọng, kích thích sự phát triển, đổi mới của các doanh nghiệp cũng như hoạt động logistics, góp phần phát triển kinh tế - xã hội; hấp dẫn các doanh nghiệp nước ngoài muốn mở rộng hoạt động kinh doanh và tiếp cận các thị trường mới, thu hút vốn đầu tư FDI vào các khu công nghiệp trong toàn vùng Đông Nam bộ.