Kiểm toán nhà nước cũng thực hiện kiểm toán chuyên đề việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị.. Theo kế hoạch năm 2021, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) sẽ tổ chức thực hiện 181 cuộc kiểm toán trên các lĩnh vực, tăng 23 cuộc so với kế hoạch kiểm toán năm nay.
Trong đó, KTNN sẽ thực hiện 35 cuộc kiểm toán dự án đầu tư, bao gồm nhiều dự án lớn, được dư luận quan tâm như: Dự án xây dựng một số đoạn đường bộ trên tuyến Bắc - Nam phía Đông giai đoạn 2017 - 2020; Dự án thu hồi, bồi thường, hỗ trợ tái định cư Cảng hàng không quốc tế Long Thành; Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Nội Bài; Dự án cải tạo, nâng cấp đường cất hạ cánh, đường lăn Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất.
Các dự án thủy lợi được kiểm toán như Hồ chứa nước Cánh Tạng; Dự án Hồ chứa nước Bản Lải giai đoạn 1; Dự án hệ thống thủy lợi Cái Lớn - Cái Bé giai đoạn 1; Dự án Hồ chứa nước Krông Pách Thượng. Các dự án khác như Dự án đường ống Nam Côn Sơn 2 - giai đoạn 2; Dự án đường ống thu gom, vận chuyển khí mỏ Sao Vàng - Đại Nguyệt; Đường dây 500/220kV Nho Quan - Phủ Lý - Thường Tín; Đường dây 500/220kV Hiệp Hòa - Đông Anh - Bắc Ninh 2; Đường dây 500kV Quảng Trạch - Dốc Sỏi; Đường dây 500kV Dốc Sỏi - Pleiku 2; Dự án giải quyết ngập do triều khu vực TP HCM có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1)…
KTNN cũng thực hiện 26 cuộc kiểm toán chuyên đề, trong đó có 3 cuộc kiểm toán chuyên đề phạm vi rộng giai đoạn 2017 - 2020: Việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị; Hoạt động quản lý môi trường tại các Ban quản lý khu kinh tế và khu công nghiệp; Công tác quản lý thu, việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương).
Đơn vị kiểm toán cũng thực hiện kiểm toán một số chuyên đề về việc quản lý, sử dụng vốn ODA; Các chương trình, dự án thuộc lĩnh vực an sinh - xã hội, phát triển kinh tế vùng; Công tác quản lý nhà nước tại Tổng cục Thuế và các Cục thuế liên quan đến việc hoàn thuế, miễn, giảm, giãn thuế, chống trốn thuế, chuyển giá năm 2020…
Trong đó, chuyên đề “Việc quản lý quy hoạch, cấp phép xây dựng tại các đô thị giai đoạn 2017-2020” nhằm đánh giá công tác xây dựng quy hoạch, việc quản lý quy hoạch, việc thực hiện cấp phép xây dựng tại các địa phương theo quy định tại Luật xây dựng, Luật Quy hoạch, Luật đất đai; thông qua đó đánh giá công tác quản lý Nhà nước, tính hiệu lực, hiệu quả của hoạt động này.